Indrek Seire on lõpetanud Tartu Ülikooli üldkirurgia residentuuri 2004. aastal ning jätkab alates 2023. aastast õpinguid doktorantuuris.

Põhja-Eesti Regionaalhaiglas on tema karjäär kulgenud üldkirurgi, vanem- ja ülemarstina. Indrek Seire on Seirekliiniku asutaja ning alates 2026. aastast juhib Medicumi Viimsi haigla haiglaravi osakonna igapäevatööd, jätkates samal ajal tööd üldkirurgina.

Pea kogu senise karjääri on ta pühendanud seedetrakti pahaloomuliste haiguste diagnostikale ja kirurgilisele ravile. Eriliseks huviks on endoskoopiline ja väheinvasiivne kirurgia, sealhulgas gastroskoopia ja koloskoopia, mille arendamisse on koos kolleegidega panustatud järjepidevalt viimase 20 aasta jooksul.

Indrek Seire kuulub mitmesse erialaseltsi. Professionaalset tegevust on tunnustatud mitmete Eesti ja rahvusvaheliste stipendiumidega ning oma teadmisi ja kogemusi jagab ta regulaarselt konverentsidel nii Eestis kui ka mujal maailmas.